Re: PDF書き出し（PDF/X-4）で透明効果が発生

Wordから生成されたPDF（別名保存したMicrosoft製PDFエンジンを使用）であれば、

データ情報として透明が含まれる場合があることは、当方も経験則上ありますから、その影響だと思います。

Wordで透明を確実に含まず、InDesignに配置される確実なデータを作成するということでいえば、

WordからのPDF生成は製品版Acrobatを用いた方法がAdobe公式の対応方法になると思います。