まず、Helveticaなどはシステム必須のTrueTypeフォント（dfont）とType1フォントで同じフォント名のため、競合が起きます。
他にも同じフォント名で競合するものがあるかもしれませんが、一番の問題はシステム必須のフォントと競合するため、適切にアクティベーションしないとシステム自体が不調を来すことです。
Mac OS X（10.5）でInDesignを使う際のHelvetica問題 - DTP Transit
また、Type1についてはリソースフォークの問題で破損しやすい、Windowsでは使用できない、という問題があります。
Macフォントのデータサイズが0KBになって破損してしまうトラブル | 三秀舎ブックラボ
次に、欧文フォントの場合は同じフォント名であっても様々なベンダーからリリースされており、ベンダーによって字形も異なれば、カーニングも異なります。そのため「同じ系統だから」といって安 易に置き換えれば「ズレ」が生じます。
以上を踏まえて、自分は…
1.Type1フォントは原則使用しない
2.欧文フォントはOpenTypeフォントに統一
3.複数の作業者で共同作業する場合は、フォント環境を確実に合わせる
という方針で、OpenTypeフォントを使用しています。
新規にOpenTypeフォントを購入しなければならないのでそれなりに初期投資が必要になりますが、他の方と共同作業する場合も安定して運用できています。
おそらく他の方からも多くの回答があると思うので、まずはこのあたりで…