InDesignはあまり使っていませんので間違っていたらごめんなさいですが、競合していると使えなくなるのはInDesignの仕様だと思います。OSのTTフォントとダブりOSより警告 の出るフォント（主にType1フォントですが）はここにいれて使っています。
InDesignの場合Type1フォントとダブるTTフォントはメニューに出てきません。
Phtoshopの場合はTTとType1が混じっていますが、表示はされます。
Illustratorの場合はTTとType1は完全に分かれ使いやすくなっています。
またType1を無効にするとMacが壊れるは完全に間違っています。そもそもがOSをクリーンインストールしても、Adobe CCをインストールしてもType1フォントがデフォルトでインストールされることはありません。
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