経験則になりますが、グレースケールの画像に透明効果を使用している場合、使用していない画像と通常の表示では見た目が異なります。
これは、「オーバープリントプレビュー」を使用（Onに）すると、見た目を統一できます。
「オーバープリントプレビュー」をOnにすると動作が重くなりますので、適宜オン・オフを切り替えて確認すると良いと思います。
なお、「透明ブレンドの領域の設定」を「ドキュメントのRGB領域を使用」にするとInDesignはRGBモードになりますので、元に戻しておいたほうがよいです。
また、カラー設定は「一般用-日本2」でも構いませんが、「プリプレス用-日本2」に設定されることをお勧めします。
（InDesignのドキュメントには特に影響しませんが、Photoshopで画像を編集する際などに向いています）