こんにちは。
動作を聞いてる感じだと、不具合というより「そのファイル自体」が基因となっているのではないでしょうか？
例えばCS6で制作したデータをCCで開いても「変換」はされないかと思われます。
上位互換はありますが、下位互換は無いため逆であれば「変換」が行われるとは思いますが。。。
おかしな動作をする書類を再構築するには（InDesign CS3以降）
上記AdobeさんのHPにあるように、再構成やIDMLへの書き出しからINDDへの保存し直し。
検証いただいたような、内容を新規ドキュメントへコピペし保存のし直し。
これは「おかしくなってしまったドキュメント」に対する対処だと思っております。
…ちなみになんですが、もし「変換」というのが基因となるとすると
元々制作していたバージョンにてEPUB書き出ししてみたらどうでしょう？
原因の切り分けの参考になりましたら幸いです☆