ご意見ありがとうございます。
私の使用していたCC以前のVerはCS5.5です。
CS5.5制作のデータをCC(2014)で開きますとファイル名に（変換）と追加されますので、変換していると思います。
画面画像を添付します。
ファイル自体の問題というご指摘ですが、過去に制作した15ファイルを検証しましたところ、
すべて同じ結果になりましたので、たまたまファイル自体が壊れていたということはないかと思われます。
もう一点のご意見ですが、以前のVerでのEPUB書き出しですが、
CS5.5にはEPUBの固定レイアウト機能がありませんので、検証ができません。
あと考えらえるのは、マシンの環境（Mac Pro 2008+Mac OSヨセミテです)もあるかと思いますが、これにつきましては再度検証してみます。