再現しました。環境はWindows 10、Excel 2016、InDesign CS6です。
この図はExcelで エクスポート→PDF/XPSドキュメントの作成
で作成したPDFをInDesignに配置してPDF書き出しをしたもの。
![ScreenShot00004.jpg]()
こちらの方は文字の重なりはありません。
一方こちらはExcelから Microsoft Print to PDFプリンター(Windows 10から標準搭載)
にプリントして作成したPDFをInDesignに配置してPDF書き出しをしたものです。
![ScreenShot00005.jpg]()
こちらは文字が2重写し状態になっています。
これと同じ状況が発生しているのかどうかは、分かりませんが、
少なくとも、Excelからどのような方法でPDFを作成するかによって、
InDesignから書き出したPDFの表示が異なることになります。
Microsoft Print to PDFプリンターはWindows 10からの機能なので、未知の存在
(少なくともRGBのPDFしか作成できないというのは
確認していました)です。前の職場では確認できるまで使用禁止の通達を出しました。
(通達解除の前に退職したのでその後どうなったのかは分かりません)
印刷用に使用するのであれば、あさうすさんの言う通り、Acrobat Distillerがベースになりますので
それ以外は基本的に事故の原因と考えるべきだと思います。
ちなみにMicrosoft Print to PDFプリンターで作成したPDFは
文書のプロパティを見ると作成が「Microsoft: Print To PDF」になっています。
Excelから作成されたPDFを確認してみてください。